При открытии любой программы появляется окно: необходимо войти в систему для внесения изменений

[SlipX]

sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade

смотри свои привелегии

или может баг,

[Remir]

Ты с пользователями и группами случайно не поигрался?
По скрину у тебя root на уровне рядового пользователя.