Подскажите решение.

[obnon]

Только SSH.
Perl, PHP, Python не могу там выполнять.
grep/cutом или еще как.

Как пройтись по всем файлам /var/www/*.*
и во всем сразу балком удалить текст:

текст в разном формате может быть.

[wratyr]

sed -i "/^$/d" /var/www/*.*

это удалить эту строчку их всех файлов по шаблону *.* в указаном каталоге.
Надеюсь что правильно вас понял.

[obnon]

Гм, оказывается туда через SSH не получяется - Can`t execute command on non local filesystem. Это я миднайт командером по ФТП зашел. Неужели вручную прейдется все удалять.

[feretjhon]

Так доступ есть по SSH или через FTP?) Если через ftp пытаться выполнить эту команду, естественно ничего не получится.

[stimels2]

проще будет слить все по фтп, пройтись автоматом локально.
можно добавить конструкцию c find для рекурсивного поиска и потом залить обратно

[Brin]

Насколько я понял у ТС протроянили хост с пачкой сайтов?)
+1 к локальной замене и заливке на хост по совету
stimels2. По другому у меня лично не получилось(
Если кто-то подскажет, буду признателен знать на будущее)