Выполняться будет тот .htaccess который находится как можно ближе к рутовой дире

не изменяя оригинального ты ничего не сделаешь, как я скаазал - он выполняится по любому. Единственное . да - можешь добавить в htpasswd другого юзверя

.htpasswd правда может лежать вне www (по крайней мере я так делаю).
И зачем тебе в DES туда шифровать? MD5 хватит