а на код можно глянуть, так гадать сложно

уже более-менее работает. оказывается надо было делать:

elseif ($GLOBALS["show_content"])

А теперь вопрос... Как сделать чтобы при переходе по ссылкам сессия не слетала?

пропиши в самом начале каждой страницы

Сессия должна стартовать в САМОМ верху.