Может ли флеш мешать раскрутке?
 

Может ли флеш на заглавной странице мешать раскрутке и продвижению сайта?
Контент не во флеше, а в html, сам флеш весит немного.

Не-а. На ранжирование никак не влияет...

Если во флеше например находится облако ключевых сылок или например ключевые кейворды то соответсвено поисковые боты их не проиндексируют.

Ещё как может! Не все готовы ждать пока прогрузится флеш!
1) Теряешь уже зашедших посетителей.
2) Гугл учитывает время нахождения посетителей на сайте и те сайты, где посетители не задерживаются отправляются в песочек! (из за флеш они как раз и не будут у тебя задерживаться)

Это при условии что у тебя на сайте установлены сео тулкиты от гугл, иначе как гугл будет знать кто сколько провел у тебя на сайте?

Узнает.

По тулбару знать он будет