Вопрос по madShell
 

Я загрузил madShell на сайт. Сейчас захожу по ссылке на этот шел и мне грузит список файлов с какого-то другого сервера:
Safe-mode: OFF (not secure)

/www/manager/actions/ drwxr-xr-x

Как можно перемещаться по своему серверу(на каком лежит шел), менять файлы и т.п.

с чего ты взял что сервер другой?
куда загрузил шелл, оттуда и грузит.

но у меня на сервере одни файлы, а на странице отображаются совсем другие.
Все ссылки отображаются как file.php#

ты залил шелл на свой сайт?

если это shared-сервер, и на нем правильно выставлены права, то нужно попытаться поднять себе привелегии.
если сервер лично твой, то к чему все эти вопросы?

хотя судя по /home/******/*******/www/manager/actions/ drwxr-xr-x
все таки shared hosting.

потому что запросы отправляются посредством js методом post.
так что смотреть надо не в адресную строку, а на страницу.

Скинь исходник файла который ты залил.