как регают в 5 000 каталогов?
 

неужели софт действительно пишется под 5 тысяч каталогов, добавляя туда каталог за каталогом?
и как потом поддерживать всё это в работоспособном состоянии?

парсятся формы, распознаются поля, и в зависимости от имени поля автоматически вбивается содержимое.

Некоторый софт работает по принципу баз движков и работе с одинаковыми движками из баз,а про другой написали выше.