Вопрос по MD5
 

Если хештровать папки, то если там файл будет загружен/изменен и т.п., то хеш обновится или нет?

самостоятельно ничего обновлятся не будет. задачу в крон закиньте, чтобы каждый 1 час делала рехеш

ну это понятно. я спрашиваю чуть другое: если хешировать папку, то все ли изменения в этой папки будут рехешироваться?

Проверить сложно что ли?

нету возможности сейчас проверить - я с комуникатора.

md5 не расшифровывается.

Делай мд5 хеш папки как opendir + filesize файлов

"или нет"

хотя вполне посильно наваять скрипт:
ftp PUT [files from] [files to]
md5sums [files to/*.*] > md5.txt
ftp GET md5.txt [house PC]

ну этого мало. а если новый файл?

Извини, я имел ввиду scandir