Думаю надо спросить у провайдера. А браузер работает?

Вот так должно быть в sources list

deb https://http.kali.org/kali kali-rolling main non-free contrib
# deb-src https://http.kali.org/kali kali-rolling main non-free contrib

у тебя по другому

apt install apt-transport-https
И попробуй ещё раз

У меня осталось только одно предположение - дело в провайдере, почему то он не пускает тебя к репозитариям Kali

Ты говорил что сейчас пишешь из кали

Ну торрент на кали для меня это небельмес, а MBR на винде можно восстановить.
Грузишься с виндовой загрузочной флешки, открываешь командную строку и вводишь такие команды:

BootRec.exe/FixBoot ----->Enter
BootRec.exe/FixMbr ------>Enter
Убираешь флешку, перезагрузка

бывали такие траблы и тоже много что делал чтоб исправить но в итоге рашалось само
грешу на загруженность серверов кали