1) Размер флешки?
2) Обновляли apt-get update && apt-get dist-upgrade или apt-get update && apt-get upgrade?

Если бы не грузилось, то рекомендовал бы в конфиги поезеть, но тут на лицо глюч к рабочим окружением, что уже не редкость. Опишите - работа с системе возможна? Через alt+F2 нормально стартуют приложение, терминал работает нормально, бразуер есть возможность запустить и интернет?

Попробуй флешку сменить. Бывает что глючные попадаются. Я уже сталкивался с таким пару раз

Вполне возможно.

ТС - а до обновления все работало хорошо? Без нареканий? Мне вот думается есть ошибка в одном из пакетов - так как новая версия вышла относительно недавно, и кали обычно берет 2-3 месяца на борьбу с багами.