попробуй
if cat /etc/apt/sources.list | grep -E "deb Index of /kali kali-rolling main contrib non-free" || cat /etc/apt/sources.list | grep -E "deb Index of /kali kali-rolling main non-free contrib"; then echo -e "\n\nРепозитории в порядке"; else echo -e "\n\nПроблемы с репозиториями"; fi

если проблемы то
echo -e "deb Index of /kali kali-rolling main non-free contrib" > /etc/apt/sources.list
мне помогло

если у тебя действительно kali то в терменали должно быть написано
root@'имя'

ты создал другого пользователя?
тогда попробуй использовать sudo(наврядли поможет)
или зайди под root
навсякий случай повтори команды под rootам

if cat /etc/apt/sources.list | grep -E "deb Index of /kali kali-rolling main contrib non-free" || cat /etc/apt/sources.list | grep -E "deb Index of /kali kali-rolling main non-free contrib"; then echo -e "\n\nРепозитории в порядке"; else echo -e "\n\nПроблемы с репозиториями"; fi
deb Index of /kali kali-rolling main non-free contrib

echo -e "deb Index of /kali kali-rolling main non-free contrib" > /etc/apt/sources.list