Оно и будет лагать т.к данные пропихиваютя на флешку и обратно есть задержка.
Я сам пользовался persistence на флехе все это херня. Если хочешь ставь первую kali 1.1.0 там все норм но с обновами облом.
Лучший способ ставь xfce второй осью и не парься...

у меня на USB 3.0"TEAM E902 Color Turn 16GB" Kali Linux Xfce 2018.1 всё нормально работало:

• Альтернативный способ установки Kali Linux на флешку (есть ещё ссылки на более подробные статьи - стоит перечитать)
  
• Установка Kali Linux на флешку persistence

Без разницы на сколько флешка 8,16,32 гб все равно лаги будут persistence это как костыль который не всегда работает так, как вы от него ожидаете. Я сам ставил и gnome и xfce (persistence) на 16gb trancend 3.0 при первых загрузках все норм, но через какое то время начинаются тормоза. А если будешь обновлять kali до новой версии так это вообще на несколько часов....