Чем лучше брутить?
 

В общем имею файл с хешами размером ~50мб
Чем лучше его брутить система не важна *nix,win
PasswordsPro его весь скущать не хочет а если первые раз ест весь то второй раз когда открываешь половина хешей пропадает.

брутить лучше всего программой hashcat

Версии есть как под винду, так и под *никсы.
Более быстрой программы для перебора хэшей на CPU на сегодняшний день нет, не говоря о том, что она была специально оптимизарована автором под брут многосоттысячных (многомилионных) списков хэшей.

Официальная ветка поддержки программы - >тут<.
Если не владеете английским - можете писать любые пожелания\замечания\вопрос ы по программе в теме на нашем форуме - той, что я указал.

зы.
программа полностью бесплатна, написана широкоизвестным в хэшкрекерских кругах брутером atom

зы2
вообще у нас есть прикрепленная тема "вопросы и ответы", но для этой темы можно сделать исключение, т.к. в виде отдельной темы ответ на этот частозадаваемый вопрос гораздо лучше виден из гугла.