Получил рута на сервере, но и дальше не могу редактировать файлы.
 

Весёлая проблема, получил на сервере рута, а файлы как не мог редактировать, изменять права, так и не могу.
UPD: Как оказалось, я могу изменять все файлы в системе кроме тех, которые касаются сайтов.
Кто с таким сталкивался?

ls -all /path/to/site's в студию.
Вобщем идея в том что у них не стоит w в правах. Думаю других случаев не бывает.
chmod -R a+w /path/to/file's решение.

Конечно не стоит w в правах. Но прикол в том, что когда я под рутом chmod им пытаюсь менять, мне пишет Permission denied. Хотя с другими файлами в системе могу делать что угодно. Да, и через sudo не помогает.

Независимо от того, стоит ли разрешение на запись или нет, рут может осуществлять ее...

Скорее всего тут видимо не тот рут )

файловая система смонтирована не read-only?

может быть ты в jail окружении ?

Залей шелл в папку с сайтом сделай chown user:group . и попрбуй с шелла редактировать.

nfs небось просто и всего, su в того юзера чьи файлы
http://www.freebsd.org/doc/ru/books/handbook/network-nfs.html
я угадал?)

дай вывод команды mount

Если ещё актуально.
Запись в файл может блокироваться из-за:
1) опций монтирования раздела;
Решение: перемонтировать раздел как rw
Как уже сказали, посмотреть можно, сказав mount без параметров
2) отсутствия прав на запись в папку/файл
Соответственно, тут надо добавить бит w. При этом на папку, в которой лежат файлы, на которые меняешь права, должен стоять также бит w (и, возможно, х) для юзера, из-под которого осуществляется смена прав.
- аттрибутов файла
посмотреть их можно, например, командой lsattr, а добавить/удалить - chattr. В твоем случае это похоже на аттрибут immutable, который устанавливается путем chattr +i /path/to/file, а снимается - chattr -i /path/to/file
Следует отметить, что аттрибуты файла - понятие линуксовое. Во freebsd аналогичную возможность предоставляют флаги (man 1 chflags)

Вот вывод mount