Для просмотра скрытого содержимого необходимо иметь 2 сообщения, у вас 0 сообщений.

А чем выложенный контент файла вам не настройки? Все верно, это действительно конфиг базы. Что вы ожидали там увидеть?

Для просмотра скрытого содержимого необходимо иметь 1 сообщение, у вас 0 сообщений.

Если их там нету, значит идут по умолчанию.
Для установки этих значений нужно использовать
set переменная значение

пример
mysql> SET character_set_client='utf8'

Вам может пригодиться это:
http://rc5hack.ya.ru/replies.xml?item_no=1071 (для 5,0)
и
http://rc5hack.ya.ru/replies.xml?item_no=1075 (для 5,1)

а я обычно сразу же от latin1 избавляюсь, ставлю юникод utf8

в конфиге мускуля прописываю default-character-set = utf8

Если текого файла нет, то создай сам. За основу возьми шаблон my-small.cnf Либо отредактируй rc.d/mysql-server и передай через него параметр после строки load_rc_config $name

кодировки при необходимости можно переменными в этом файле и задать...