в винде я всегда использую такую фишку:
в названии наиболее часто используемых каталогов ставлю первым символом
#
таким образом, эти каталоги всегда выводятся первыми при сортировке по имени по возрастанию, соответсвенно, их проще находить.

никак не могу ничего подобного придумать на linux-системах:
какой символ не ставь, он всегда упорядочивает по-своему.
а, если ещё в каталоге есть скрытые каталоги - вообще туши свет

кто-нибудь знает выход?

Используй восклицательный знак !

Если упорядочивание идет по алфавиту, то проще 1, 2, 3 дописать в начало названий

к сожалению, да - очень мне не нравится этот метод - всё-таки цифры в названиях каталогов иногда попадаются, да и смотрится не так аккуратно.
однако, восклицательный знак работает только в режиме case-sensitive и в консоли (mc).
file browser его вообще, походу, игнорирует.
пруфпик (папки soft и test)
case sensitive:

http://storage6.static.itmages.ru/i/...3b5571d67b.png

case insensitive:

http://storage7.static.itmages.ru/i/...e94d67b779.png

file browser:

http://storage9.static.itmages.ru/i/...b5fbd57920.png

Хм, я проверил только в консоли) Может тупо посимвольно проверить?) Заведу завтра лин с иксами, посмотрю, в серверах, пардон, только консоли)

В Dolphin восклицательный знак работает

http://s2.ipicture.ru/uploads/20120602/B4DRH5e8.png

upd: оу, на дату не посмотрел, простите)