Главный и вложенные документы:
– открываю главный документ, жму Ctrl+\ (открываю вложенные)
– меняю форматирование одного из вложенных, сохраняю (в файловом менеджере видно, что что-то сохраняется в главный док), открываю – форматирования нет...

То же делаю с другим вложенным доком – всё сохраняется.

В чём подвох?
"Обновлять автоматически" не стоит ни в надстройках, ни в настройках какого-либо стиля.

Решил проблему!
1. Преобразовал вложенный док в часть главного документа. Помогла статья отсюда. Проверил, всё сохраняется (редактировал и сохранял/открывал по многу раз).
2. В режиме структуры открыл все доки, вырезал бывшее содержимое того дока, который вставил в основной док > вставил его в его исходный файл. Всё.

Тему можно закрывать.