Бородатая тема, но все же.
Нужно сделать автоматическую синхронизацию файлов и папок в локальной сети. Из программ которые я нашел, синхронизация выполняется только в ручном режиме (открыть программу и выбрать что с чем синхронизировать и запустить процесс). Уже думал написать bat файл который будет запускать такую программу синхронизации и скрипт autoit будет делать нажатия мыши на кнопках программы. Но понимаю, что это костыль и должна же быть какая то софтина, которая может по заданным настройкам в определенное время синхронизировать файлы.

Да, есть такая программа - ROBOCOPY. Это консольная утилита от микрософта.
Вот её описание на технете https://technet.microsoft.com/en-us/library/cc733145.aspx
Вот на вики https://ru.wikipedia.org/wiki/Robocopy
Я использую робокопа часто для простого копирования, а он умеет реплицировать каталоги с большим количеством опций. Плюс его удобно закинуть в планировщик и он будет тихо делать свою работу.

В Windows Servere для этих целей есть DFS

ROBOCOPY можно запускать по расписанию, а можно ли его запустить автоматически при изменении файла подлежащего синхронизации?

У меня нет Windows Server, есть только Win7

Юзаю Allway Sync, ссылка: http://allwaysync.com/ru/download.html, емнип до 40000 скопированных файлов в месяц бесплатна, у меня она же зеркало антивирусных без на дропбокс даливает, и апдейты 1С в папку на локальном ftp серваке скидывает.

Спасибо попробую. Сегодня опробовал GoodSync- похоже аналогичная программа.
Но странная вещь, она не все файлы синхронизирует из нескольких тысяч изображений, два десяток не синхронизированы. GoodSync на сервере их не видит на машине клиента, хотя они там есть.

Долго пробовал и работал с разными программами. Требовалось для синхронизации данных с компов и внешних жестких. Сначала в ручном варианте, по мере работы задача усложнялась, как и увеличивалось количество синхронизируемых папок и файлов и способов синхронизации. С чего начинал и до чего дошел:
1). Microsoft SyncToy 2.1.
"+" - бесплатная, простая, довольно удобная
"-" - несколько раз скидывалась и начинала синхронизировать не что нужно и не в том направлении (очевидно было связано с тем, что увеличивалось количество и объем синхронизируемой информации). В очередной раз, после подобного глюка, долго читал, искал и в итоге остановил свой выбор на самописных программах
2) самый простой вариант xStarter - кстати позволяет делать много чего и опять же из написанных действий / скриптов и т.д. собрать собственно сразу же exe файл, который можно при желании сделать и службой. Однако намучившись с переписыванием, допиливанием и прочим (у меня просто много "планов" синхронизации направлений и мест получения и т.д.) перешел на Allway Sync.
Кстати dropbox и т.д. не подходили по причине - не люблю большого брата и параною в себе
3) Allway Sync.
"+" - Все хорошо, удобно и т.д. Что особенно понравилось это синхронизации между одним источником и несколькими местами "получения". Работает как часы, НО
"-" - Не работает (по крайней мере когда я с ней работал) по потокам, а вернее по одному потоку по очереди, то бишь есть, например, несколько заданий: синхронизировать несколько разных, не связанных папок с жесткого диска на компе на внешний жесткий, и в итоге она запускает все это параллельно, в итоге если б все было в один поток, то закончилось бы все намного быстрее, так же это привело к катастрофическим результатам, из-за которых потом пришлось отказаться от нее, об этом будет написано далее; пару раз глюкнула, но это было не критично, критично станет когда объем будет большой. И в итоге когда я дошел до того, что в одной из папок стало под 150,000 файлов и с объем папки не маленький, то Allway Sync просто не выдерживал, когда запускал в автоматическом режиме при подключении жёсткого диска синхронизацию. Пришлось задания запускать вручную и по очереди. Жутко не нравилось но терпел ровно того момента, пока он не перестал синхронизировать просто одну папку. В итоге перешел к GoodSync.
4) GoodSync. Долго не мог привыкнуть к нему, который казался после Allway Sync (который был понятен на интуитивном уровне) жутко не удобным, не информативным и т.д. Привыкание шло долго, и не всегда удачно. Не нравилось, что только одни источник и одно место-получатель. В Allway Sync былы разнонаправленные "многоконечные" задания, тут же пришлось дробить / дублировать задания. Из сразу замеченных плюсов понравилось то, что теперь все задания выполнялись по очереди. Долго не мог найти (если не через мастер делать задания) привязку к конкретному внешнему жесткому диску. По некоторым настройкам нет нормального описания, и не всегда понятно что делают. Некоторые вещи беспокоят до сих пор, но ровно из-за того, что похоже пока сам не настроил, но времени на тесты терять не охота, и они абсолютно не критичные. Так же удобная вещь для копирования большого количества данных, когда синхронизация была не нужна или не применялась, а скопировать надо быстро и данные почти одинаковые. Со временем очень привык и стал нравится, ошибок не допускает, количество файлов обрабатывает без проблем и пока еще не ошибался (уже пару лет), есть возможность "быстрого" анализа, сверка md5,копирование атрибутов и т.д. В общем мой выбор - GoodSync

1) Вопрос - может быть срабатывает фильтр? Он есть в общих настройках программы (общий для всех) и так же есть в каждом задании отдельно свой.
2) Так же при сравнении, если есть антивирус, он так же блокирует файлы, если считает, что с вирусом или подозрительный
3) Поставь настройку "Копировать заблокированные файлы"
У меня никаких проблем с синхронизацией с использованием GoodSync ни разу не было. Но вот с настройками поразбираться пришлось. Кстати по этой программе есть довольно вменяемый мануал с FAQ. И чем замечал, что он часть данных не синхронизировал? И попробуй еще включи md5. Будет ощутимо дольше, но зато проверишь и плюс этот способ надежней. По крайней мере я думаю встречал такое - что открываешь фотографию, а она открывается только на половину, т.к. "протухла". От этого при синхронизации по крайней мере обезопасишься. А то у нас был случай - бэкапился архив базы данных, а в итоге файл оказался битый (т.к. просто копировался, вернее записался, неправильно)

Использую nnSync. Программа позволяет копировать или перемещать файлы между папками, а так же с устройств, подключаемых к компьютеру через USB, на компьютер и обратно и для синхронизации файлов между устройством и компьютером.

Goodsync - есть настройка автоматической синхронизации при наступлении определенного события.
инструкция тут. поищите на странице по фразе "Вкладка Авто".

А стандартные средства Windows вы не рассматриваете?