Дано:
Ноутбук ThinkPad t410 на котором установлен Centos 6.5
в нём два физических диска один под систему, а второй примонтирован как папка и на нём рапологаются веб сервисы. Как всё это было установлено сейчас и не вспомню, дело было давно и не мною делалось.

Надо:
Перенести систему на INTEL NUC 5I3RYH с одним диском так, что бы не потерять установленные сервисы и не пришлось всё заново ставить.

Каков должен быть порядок действий?

Мне кажется, что надо сначала как-то перенести содержимое диска, который примонтирован как папка, на первый диск, а затем отмонтировать второй диск. Только вот как это сделать?

Как вариант попробовать Acronics у них есть утилита которая клонирует диски.

Что-то я вас не понимаю. Причём тут акронис? я диск не хочу клонировать, мне это не нужно, я хочу его просто вытащить и переставить.

Просто так отключить второй диск не получится, если его извлечь из корпуса, то система не загрузится корректно, а выпадает в командную строку и просит что-то там делать. Несмотря на то, что никаких собственно системных файлов на этом самом втором диске нет. Надо его как-то отмонтировать да так что бы сама папка не пропала. На худой конец отмонтировать через удаление папки, благо эти данные можно продублировать, Линуксы они такие, один бит попортился и они уже не могут работать.

А на другом пк диски так он тем более не запустится без подготовки, искать драйверы он не умеет сам ему надо всё помогать делать, а как это сделать, что надо сделать заранее. а что при первой загрузке после подключения вот в чём вопрос.

Тогда вы можете сделать образ папки как диска и затем "залить" его на первый диск.

1. Смотрим в /etc/fstab точки монтирования и акцептор приводим в соответствие. Т.е. если на доноре /home это раздел на втором винте, то на акцепторе пусть будет просто папкой /home. Тогда не будут ломаться пути и т.д.
2. Или монтируем винт на ноут или работаем по сети, даже при помощи livecd (например запускаем с флешки) и через dump -> restore копируем разделы на акцептор. После копирования останется, не отходя от кассы, подстроить некоторые конфиги (настройка сети и все такое) и в путь.

Повторюсь, что мне не нужно клонировать диск, нужно его физически переместить из одного компьютера в другой. Но на первом компьютере 2 диска, причём второй примонтирован как папка? Вот как его отмонтировать?

А потом надо понять, что сделать что бы на другом компьютере после перемещения диска система запустилась.

Значит я трактовал иначе.

Примерный алгоритм:

Смотрим /etc/fstab - там все примонтированные разделы.
Там будет наш примонтированный диск, пусть например /dev/md3 /home/www ext4
Создаем папку /home/wwwtmp, останавливаем web-сервисы (mysql делаем дамп, если базы на том разделе).
Копируем файлы с /home/www в /home/wwwtmp (от просто cp до rsync).
Затем umount /home/www (это отцепили второй винт) и переименуем нашу папку wwwtmp в www.

а как проверить что диск теперь можно отсоединять? В fstab данные не поменялись после команды umountl Но это ладно, тут думаю проблем не будет, надо только поправить сам файл.

Другое дело перенос системы на другой компьютер. Если просто переставить диск то он вообще заведётся?

Должен завестись, но могут возникнуть проблемы с граф дровами, если ставилась GUI. Но даже в этом случае ядро загрузится и доступ к консоли будет, можно будет переставить дрова на необходимые.

Завестись должен - действительно проблема может стать в дровах, и не до грузится нормально. Тогда консоль и переустановка дров. И система нормально заработает. Теоретически так и будет. В практике я переносил винты с одной маш на другую - и проблем не возникло..