Добрый день. Какой софт под Windows позволяет переносить разметку hdd linux-разделов между дисками без переноса самих данных? Acronis, Paragon это умеют? Если да, то как?

А для каких именно целей это необходимо? Почему бы заново её руками не создать?

Acronis Disk Director умеет, можно перенести структуру, и поставить галку Не переносить данные.