Какой это метод шифрования пароля?
 

Через форум вылез в корневую директорию и из файла .httacces вытащил пароли. Они там вот в таком виде

$apr1$vb6Ps...$AN4jInDBMqwKUaIvZF0fn/

Вохоже, что это DES, но JohnTheRipper не видит там паролей. Подскажите, что это за метод шифрования?

Это MD5(APR). PasswordsPro тебе поможет...