Имеются 2 CF диска.

На второй, который Axiomtek винда ставится без проблем, на первый нифига ! При выборе диска нету его.
Самое интересное что в биосе Axiomtek определяется правильно, а первый тоже правильно, кроме размера... Он в биосе 0 !
diskpart работает с дисками без проблем и единственная разница между ними, то что первый определяется как removable !
Очищал все разделы, заполнял нулями, бесполезно, removable и всё тут ! Собственно и вопрос, как снять этот флаг removable или как установить на него винду ?
Диски подключаются через разъём на мамке, без всякого картридера, висит разъём на интерфейсе IDE.

Попробуйте в биосе:
1. Отключить для разъёма, на который подключен Transcend, функцию "горячего подключения" (если такая настройка есть).
2. Изменить режим работы контроллера с AHCI на IDE.

Такой настройки нет. https://www.arbor-technology.com/gl/Product/Pro/Download/164 вот мануал на мать, там есть картинки с биосом, но я там всё что можно перепробовал.

А к другой матери пробовали подключать?
Поскольку мать старая, есть подозрения, что дело в ней, а не в диске.

Нет, нету таких матерей у меня больше