пути в 4.8-STABLE FreeBSD
 

В каком файле хранятся пути к сайтам потму что /etc/passwd ничего невыдает

В конфиге апача

во фряхе по умолчанию для второй ветки тут:
/usr/local/etc/apache22/httpd.conf

для первой ветки вроде здесь:
/usr/local/etc/apache/httpd.conf