совместное исп-е файла и спрятать окно перла
 

1. несколько перл скриптов используют чтение-запись в один файл, когда один скрипт открывает этот файл и выполняется порядка минуты, другому он недоступен, можно ли сделать, чтобы второй скрипт мог писать в файл, если он уже открыт первым на чтение или тут использовать что-то типа mysql базы надо?
2. планировщиком виндовса исполняется перл под виндовс со скриптом, каждую минуту, но при этом выскакивает окно каждый раз, можно ли это окно как-нибудь спрятать?

1. Одновременно писать нельзя. Надо заморачиваться с локами.
2. start /B "perl script.pl"

Наиболее простой метод, имхо, - несколько копий этого файла, далее их как-то синхронизировать. Если это не устраивает - юзай бд.