Возможно не в этом разделе задаю данный вопрос...

Скажите, где лежит файлик на хосте (к которому есть root доступ)

в котором прописаны все сайты с данного хоста и их месторасположение, и как вообще такой файлик называется...

версия ядра если вдруг : FreeBSD 9.1-STABLE FreeBSD 9.1-STABLE #1 r250139

Такими темпами рут мог разве что с неба свалиться.

За сайты отвечает http-демон. Они бывают разные. А вот уже в его конфигах написано, где и какие сайты лежат. Узнать используемый хттп-сервер легко, вариантов масса. Можете по заголовкам, сканером или просто в списке процессов.

Традиционно на больших сайтопомойках сайты складывают сразу в /home, на не очень - /var/www.