Подскажите,через шелл реально запустить кейлоггер,на компе у жертвы?

Думаю можно )))

в автозагрузку заливаешь кейлоггер свой. и ждешь когда будет перезагрузка)))

консоль windows вполне способна запускать приложения.

http://www.windowsfaq.ru/content/category/3/19/57/