Чем сканировать на Уязвимость сайта на Кали Линукс.?

arachni, nessus очень неплохие... Оба достаточно дружелюбные в интерфейсе при хорошей настройки + апдейтах неплохая весч для личного пользования и поиска уязвимостей на своём крупном сайте...

Смотря что сканировать. Joomscan для жумлы и т.д.