можно ли запустить php скрипт в браузере - если он залит за корневой папкой ?

Напрямую никак, разве что через инклуд или уязвимость в другом скрипте с помощью которого можно достучаться до "запредельного" скрипта.

PHP запускается на базе прекомпилятора, который в свою очередь работает в директории определенной веб сервером, так что есть только два варианта:

- Определить VirtualHost для дериктории, где лежит этот php файл

- Запустить его через command line / bash сервера:

$ php -f /somedirection/somefile.php

На все это, как ты понимаешь потребуются определенные права доступа.