откуда грузятся правила iptables при начальной загрузке?
 

Сабж. Интересно из какого именно файла это все береться.

/etc/sysconfig/iptables*
или
/etc/init.d/iptables
Второе для старых версий.

Статьи по теме:
www.opennet.ru/base/net/iptables_ctl.txt.html
debian-russian.org/debian-faq/networking/kak-sdelat-avtozapusk-fairvolla-kuda-delsya-etc-init-d-iptables