Мне кажется, для начала, вам нужно разобраться с парсерами. По ним, инфы хватает в инете и также, есть готовые инструменты, для сбора мыл. А зачем вам ботнет, если вы не знаете, как он работает и для чего он вообще нужен?

Не интересовался для линукса...а чем виндовс программы не устраивают? Тут по сути, любой парсер справится, с регулярками. Нашли сайт, настроили на него парсер, он вытягивает адреса, что ещё нужно?
Ботнет, для различных задач используется, но в основном для DDOS. Ну так, вам нужно написать его, потом надо ещё и распространить, путём заражения машин и чтобы он закрепился в системе.

ищи в гуглах где-то видел валялся готовый скрипт на php парсит по средствам curl
самые эффективные они для винды там можно настроить все очень тонко.