Да, конечно, лучше по обоим пунктам прогнать. Взять несколько сканеров и по очереди. Залей на тестовый сайт что-нибудь с дырами, лучше все варианты (ксс, скуль, инклуд и т.д.), чтобы знать какой сканер что обнаружит... И вперед