И что? Колонка id тут причём? Допустим там две базы. та с которой работает скрипт назовём её base1, и base2 в которой твоя колонка username. Обе имеют таблицу user.

base1.user имеет поля id, mail, name
base2.user username password

Когда ты делаешь запрос
id+from+user тебе выводится id из base1.user

неужели трудно посмотреть запросом, где колонка? И при чём тут count(id)?