Вообще, надо логичнее подойти... Подними логи SMTP, посмотри время когда шёл спам, смотри логи апача, соответствующие этому времени. Насчёт времени изменения - не факт, что его не подправили с помощью touch. На сайте есть формы отправки чего-либо куда-либо? Смотрел скрипты, в которых используется функция mail? Они уязвимы? Ну и ещё раз - логи, логи, логи... Логи SMTP, логи Apache и т.д. Проверь кронжобы и т.д.