Я пользуюсь webmin и доволен.
Тебе вроде надо так (если не прав, исправьте, пожалуйста)
В консоли:
-Подготовка и установка
emerge --sync
emerge portage
emerge webmin

-Теперь стартуем
/etc/init.d/webmin start

В авторан
rc-update add webmin default

Когда то делал так=)

Ну а там уже куча всякой фигни, все же удобнее настраивать сервак так, чем через консоль.

1) как создавать базы данных?
- phpMyAdmin

2) как создавать поддомены?
- Тут zythar все правильно сказал, и еще глянь в инете там море инфы.

3) как добавлять новые сайты себе на сервер?
- Регаешь домен, обращаешься в техподдержку хостинга, и просишь привязать свой домен к твоему ip, потом меняешь ns сервера на данные тебе хостером, и прописываешь в httpd.conf все что нужно.
Почитай
Вот: http://ru.gentoo-wiki.com/wiki/%D0%A3%D1%81%D1%82%D0%B0%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%BA%D 0%B0_Apache2

И вот: http://www.opennet.ru/docs/RUS/apache/