Сорри, ошибочка вышла:
Не RewriteRule ^.*$ http://www.site.ru/, а:

RewriteRule ^.*$ /

* Это если конечно тебе надо, чтобы ВСЕ (абсолютно) странички редиректились на ..корень. (Это в первом посте)

Если же надо редиректить все /что-то/index.php на /что-то/ (без index.php), то тебе так:
RewriteRule ^(.*/)index\.php$ $1