для того чтобы с браузера можно было обращаться к локалхосту при включенном TOR или другом виде прокси надо в настройках прокси файрфокса в пункт "Не использовать прокси для:" дописать "127.0.0.1, localhost".
Но file_get_contents в любом случае будет качать файл напрямую, без TOR. Для того чтобы скачать с помощью php файл через TOR тебе придется использовать сокеты или curl, тогда просто настрой его (curl) на SOCKS прокси localhost:9050