Шаблонизирование как говорилось выше... Чтоб работало все с кешем.
<script src=function.js></acript>
та же история и с css.Сжимай график. все выноси за рамки документа...
Вот а вообще да смотря какой скрипт ..если только хтмл то то что я описал выше и если еще и пхп то полюбому работа с шаблонами и оптимиззация кода в официальном мануале по пхп об этом много сказано что например не используйте регепсы там где действительно можно обойтися без них такая же фигня и с циклами while и for.Вот так вообщем.
и вот еще.. не надо изобретать в своих скриптах велосипед есть уже давно много классов готовых которые давным давно оптимизированныи по размеру и по функциональности используй также встроиный функции коих множество. Не надо писать класс который будет вычислять синусы и косинусы которые займут лишние килобайты строк веди есть готовые функции которые занимают 40 байт