По идее такой скрипт займёт довольно большое количество ресурсов сервера, и если хостер упрямый и дотошный то тебя нафик засуспендят...

И вообще я не пойму суть проблемы... У тебя где-то в скриптах прописаны абсолютные пути? Если так, то плохо дело, нужно работать от DocumentRoot чтобы не напарываться на такие вещи... Но что мешает тебе в каком-нибудь FAR'е сделать замену этого пути на новый? Или в notepad++... И там и там это регулярками можно это делать... Дело, конечно, геморное...

Есть доступ к старому и новому хосту по SSH? Если есть так напиши shell-скрипт, который наделает тарболы из твоих поддоменов старого хостинга... Напиши другой скрипт, который развернёт эти тарболы по каталогам нового хостинга...

Во что ты сейчас упёрся?