Что значит логи пишутся в файл и какие тут тогда могут быть проблемы с мускульной базой??
Теперь давайте займемся гаданием на кофейной гуще. Не знаю что там у автора за биллинг... Темный какой-то..
Биллинг всегда вещь достаточно прожорливая... Как вариант - снимать/обновлять статистику реже. Одно дело когда в базу происходит запись и проверка баланса раз в минуту и другое когда каждую секунду, а у тебя сотня пользователей он-лайн и тысяч пять записей неактивных пользователей в этой же таблице..
Вычлени компоненты своего биллинга и погляди по команде top, что больше всего грузит систему.
Если грешишь на MySQL (а работа с БД, действительно, в большинстве случаев является самым узким местом), сперва узнай версию. Если у тебя 4.1+ то настрой логирование медленных запросов http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/slow-query-log.html.
Есть ещё парочка конкретных советов, но нужно действительно больше информации.