Одним из недостатков Skype считается использование проприетарного протокола, несовместимого с открытыми стандартами (такими, как SIP или H.323).

Проприета́рное или собственническое программное обеспечение (англ. proprietary software) — программное обеспечение, не удовлетворяющее критериям свободы ПО, и (с позиции Фонда свободного ПО) при этом не являющееся полусвободным. Правообладатель сохраняет за собой монополию на его использование, копирование и модификацию, полностью или в существенных моментах. Часто собственническим называют любое несвободное ПО, включая «полусвободное».

Не следует путать с собственническим коммерческое программное обеспечение, которое может быть и свободным.