Существует cscript.exe и wscript.exe,в твоей системе идет привязка к cscript.exe.Т.е выполнение команд и отчет об ошибках будет отображаться в командной строке.Поэтому при запуске бат файла создается временное окно,в котором и выполненяется сценарий.Wscript.exe не используется консольный вывод,а использует обычные окна сообщений среды.

Для изменения сервера сценария(лучше не изменять):

cscript //H:cscript(wscript) //nologo //s