Отключи жёсткий диск совсем (питание и шлейф ide/sata) включи и послушай не пропала ли вибрация, если нет - значит точно не в нём проблема.
P.S. Скорее всего куллер на видюхе (если он есть) жужит - именно они часто в первую очередь начинают жузжать.