дело в том, что при старте системы куллер работает на максимальную катушку, а потом, когда биос или пост проверяет состояние проца, включается умненькое регулирование скорости вращения куллера. Вот так... Как вариант, что бы не шумел - можно его сменить или смазать силиконовым маслом. Ну и посмотреть, что бы лопасти обо всякую ахинею не терлись.