Я недавно создавал такую же тему... в итоге остановился на проге SUPER. Прога действительно оправдывает свое название, плюс ко всему еще бесплатная!
Из матроски сделает что угодно, и как угодно, возможность выбора звуковой дорожки, субтитров итд, да вообще куча возможностей!
Теперь только ей и пользуюсь...