Мне понравился следующий способ, хотя, конечно, он требует много времени. О нем прочесть можно здесь (Компьютерра) .

Суть в том, что записывается ОС с антивирусом (подразумевается, эффективным) на CD, диск финализируется. Можно проверять таким способом ПК, мне кажется, достаточно эффективно, но придется тратить много времени, ведь производители антивирусного ПО просто физически не могут справиться с большим количеством вредоносного ПО. То есть, проверять компьютер можно будет только недели через две с обновленными антивирусными базами.