/etc/shadow
/etc/master.passwd
/etc/system/passwd
/etc/security/passwd
мб еще в БД лежат.
зависит не только от версии апача и пхп и прикруток, а от ОС и, как заметил gisTy - фтп сервера(хотя, скорее всего, пох на фтп-демона =) )