Я так на код посмотрела, что вы читаете 65535 и столько же и выделяете в буфере, а этого, при размере файла >= 65535 может не хватить. Если же размер файла 50 байт, то все должно быть хорошо.

>>Прямо из ольки копирую буффер, перевожу и файлы не совпадают

то есть вы закодировали 50 байт из файла и решили проверить правильно ли закодировали, преобразовав обратно. Тогда такой вопрос. А где процедура Base64Decode? Encode вы привели.