От чего к чему передается? Проводов только два? Опиши систему поподробней.
На частотомер забей - ищи осциллограф (здорово бы еще цифровой запоминающий). Для примера: сейчас какраз есть на столе две платки, общаются по RS485, скорость передачи 9600. Обычный режим работы: раз в секунду несколько байт запрос - несколько байт ответ. Ткнул на линию частотомер. Показания - бред полнейший, даже рядом не стояли с реальной цифрой.