Ну извини я не могу читать мысли, ты изложил проблему, я предложил ее решения толька так как изложил проблему, естествено если у тебя скрипт что то обрабатывает более 5 минут и ты хочешь что бы пользователь видел какие то данные обработки почти сразу разумнее использовать ajax, по поводу "<script>alert(\"$i\");</script>"; не надо воспринемать все буквально, главную апи - brain еще никто не отменял так что ею надо пользоваться.