MySql - это отдельная тема. К чмодам никакого отношения не имеет, итак:

1. Запустить php-скрипт, прочитав это:

http://ru2.php.net/manual/ru/function.chown.php
http://ru2.php.net/chmod

2. Узнать ядро, ось, дату последнего обновления, типо:

uname -a

и искать сплойт